Бэкон родился в семье ирландского коневода. Когда мальчику исполнилось десять лет, отец поступил на службу в военное министерство в Лондоне. Из-за астматического заболевания Фрэнсис не мог регулярно посещать школу.

В шестнадцатилетнем возрасте он покинул родительский дом, жил в британской столице, перебиваясь случайными заработками, затем провел два месяца в Берлине, а после этого отправился в Париж. Во Франции работал декоратором интерьеров.

В 1929 Бэкон вернулся в Лондон, где открыл мастерскую по дизайну мебели и ковров. С 1931 целиком посвятил себя живописи и через два года впервые обратился к теме распятия, к которой постоянно возвращался в дальнейшем. На пропитание себе он зарабатывал игрой в рулетку. Во время второй мировой войны Бэкон уничтожил почти все картины, созданные им ранее. Вследствие болезни он был признан негодным к службе в армии и в течение трех лет работал в гражданской противовоздушной обороне.

В 1944 Бэкон вернулся к занятиям живописью. В этом же году появились «Три этюда фигур у подножия распятия», триптих, принесший Бэкону молниеносный успех. Эта состоящая из трех частей работа представляет три сюрреалистические комбинации из людей, животных и неких аморфных существ — метафорических воплощений Страха и Ужаса.

Гораздо более реалистичной стала появившаяся через год другая картина — «Фигура в окружении ландшафта», на которой изображен лежащий на скамейке в парке мертвый человек с автоматом. В «Картинах» (1946) у Бэкона впервые появляется «трупный» мотив, который становится основополагающим в творчестве художника: перед ширмой сидит чудовище в человеческом облике, а за ширмой лежит зверь с распоротым брюхом.

Бэкон, пристрастившийся в послевоенные годы к алкоголю, работал в основном с сериями картин, что позволяло ему глубже проникнуть в тему. Его восхищение пионерами кинематографа нашло свое отражение в одной из картин серии «Головы», прообразом которой послужил кадр из фильма Сергея Эйзенштейна «Броненосец Потемкин» («Голова VI», 1949).

На основе этой картины Бэкон создал ряд работ, перекликающихся с «Портретом папы Иннокентия X» кисти Веласкеса, самой известной из которых был вариант, датируемый 1953 годом («Этюд портрета папы Иннокентия Х по Веласкесу», также «Кричащий папа»).

На картине изображен раскрытый в крике рот; этот мотив Бэкон использовал и в более поздних своих работах. Бэкон смешивал краски с пылью, песком или грязью и наносил их кистью или пучком стальных волокон на необработанную поверхность холста. На многих картинах он изображал изуродованные или разложившиеся человеческие тела, которые заключал в прямоугольные переплетения линий, напоминающие железную клетку. Картина Бэкона «Ван Гог — Вари ации» (1957) представляет великого художника как символ изоляции человека.

Начиная с конца 50-х в картинах Бэкона все чаще появляются сюжеты из его собственной жизни, в основном это портреты друзей после попоек. Его картины утратили агрессивность, однако по-прежнему представляли человеческие фигуры, изолированные в замкнутом пространстве.

Для работ Бэкона 60-х характерны монохромные плоскости с возвышающимися на их фоне фигурами. Отыскать в этих фигурах черты индивидуальности так же трудно, как и определить место действия. Прежние расплывчатые лица Бэкон размещал сейчас на фоне затушеванных эллиптических цветовых плоскостей. Художник шокировал публику двумя своими триптихами на тему распятия (1962 и 1965), в которых изобразил убийц и их истекающую кровью жертву. С конца 60-х он стал все чаще объединять в одной картине ландшафты и портреты в полный рост.

В 1971 после продолжительной болезни скончался Джордж Дайер. Бэкон с головой погрузился в работу, он создал так называемый «Черный триптих», где Дайер изображен стоящим перед открывающейся темной дверью. Он продолжал анализировать эту смерть и в последующих работах.

В других картинах 70-х Бэкон запечатлел бренность человеческого тела, помечая отдельные компоненты кружочками, как это принято в рентгенографии.

В конце 70-х из картин Бэкона исчезли присущие его ранним портретам намеренные «искажения действительности». Теперь Бэкон работал с косой штриховкой, которая позволяла более точно запечатлеть черты человеческого лица. В 1992 художник умер в Мадриде в возрасте 82 лет.